一、公司应该如何处理知识产权纠纷

1.协商是指双方当事人在知识产权纠纷发生后，在自愿互谅的基础上，按照有关法律的规定，通过直接的协商和谈判，自行达成和解协议，从而使纠纷得到解决的活动。

2.调解是指知识产权纠纷发生后，经双方当事人申请，由人民法院、仲裁机构或调解人从中协调，使双方当事人在自愿协商的基础上，互作让步，达成协议，从而使纠纷得到解决的活动。

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3.行政处理是指知识产权纠纷有关的当事人或者不特定第三人请求知识产权行政管理机关处理其知识产权纠纷或与知识产权有关的侵权等违法行为的活动。

4.仲裁是指知识产权纠纷双方当事人在自愿基础上达成协议，将纠纷提交仲裁机构审理，由仲裁机构做出对争议双方均有约束力的裁决的解决纠纷的制度。当事人可以根据仲裁裁决或调解书要求对方承担责任或履行义务，也可请求人民法院强制执行。

5.民事诉讼是指人民法院在知识产权纠纷双方当事人的参与下审理和解决知识产权纠纷案件的诉讼活动。当事人可以请求人民法院做出要求对方承担责任或履行义务的判决书或调解书，并可请求人民法院强制执行。

二、如何认定知识产权侵权行为

法律快车提醒您，知识产权侵权行为的认定如下：

1.被侵权的知识产权必须具备有效性

这一要件也即被侵犯的知识产权必须是在我国申请的，并且已经获得了国家知识产权局的核实与批准。知识产权的有效时间必须不能过期，也不能是正在进行申请的而尚未批复的，或者已经被知识产权局的复审委员会所宣布失效的。以上的有效性若不具备，则不能进行知识产权侵权的诉讼。

2.侵权行为务必清晰界定

这一要件也即原告方必须对侵权方的行为进行详细说明，并能够提供充足的证据证明侵权行为的发生。事实上，我国知识产权有关法律已对这一要件进行了详细规定，并指出了侵权行为的种类及不能算作是侵权行为的事件。

3.侵权行为必须是以营利性为目的，而不以营利性为目的的侵权行为则应视情况而定。

根据规定，如果以营利性为目的使用一项知识产权，在使用方必须获取所有者的许可，否则，则构成知识产权的侵权行为。因此，营利性为目的也是知识产权侵权的主要构成要件之一。

4.侵权行为的发生必须是由侵权方的主观过错所致。

这一要件认为，无论侵权方的主观过错是有意性还是自身失误所致，都应对知识产权的损失负有赔偿责任。如果侵权方能够证明这一行为的合法性也可以不负赔偿责任，但仍需要承担停止侵权、销毁侵权产品等侵权的民事责任。

三、如何准备知识产权侵权的证据

法律快车提醒您，在涉嫌侵权过程中最重要的步骤就是固定证据，主要有以下三种类型的证据，让我们以专利侵权为例简单展开:

1.权利基础证据:证明你是专利所有人。包括专利证书、最近一年的年费缴费记录或者由国家知识产权局近期出具的专利登记薄副本、以及专利说明书等。

2.侵权证据:证明你的专利权被侵犯。方法:在公证员的监督下购买侵权商品或者现场拍照等等。如有困难，也可以申请法院进行证据保全，由法院出面进行查封扣押。

3.赔偿证据:应取得赔偿的依据。最常用的赔偿计算方式有两种，包含根据涉嫌侵权方的非法获利来计算赔偿数额，或是根据许可费的倍数来计算赔偿数额。这类证据搜集起来比较简单，可以提供专利侵权诉讼发生之前签订的专利许可合同以及相应的许可费付款凭证作为证据，并提供证明涉嫌侵权方的规模、涉嫌侵权方恶意侵权等证据来支持要求赔偿的许可费的倍数。